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Logiciel LIMS Génomique pour Laboratoires de Séquençage NGS

Gérez la complexité de l’échantillon aux données de séquençage. Suivez la préparation des bibliothèques, les cycles de séquençage et le démultiplexage au moyen d’enregistrements attribuables et reliés aux états configurés.
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LIMS NGS configuré selon les états des échantillons, bibliothèques, runs et analyses

Interface de séquençage montrant les paramètres NovaSeq 6000 et les métriques QC au niveau des pistes
Suivez les paramètres de séquençage, les détails des instruments et les métriques de performance par piste.
Résultats de démultiplexage montrant les rendements d'échantillons, scores Q30 et statut réussite/échec entre les runs
Surveillez les résultats de démultiplexage avec des métriques de rendement et qualité au niveau échantillon.
Interface d'ensemble d'index montrant IDT90 avec 96 séquences d'index doubles et leurs propriétés
Gérez les bibliothèques d'index et prévenez les conflits avec un suivi complet des séquences.
Liste de suivi des échantillons avec type de spécimen, concentration et statut dans un LIMS de génomique
Suivez chaque échantillon de la réception jusqu'au séquençage, avec une visibilité complète du statut par projet.
Enregistrements de préparation des bibliothèques avec protocole, ensemble d'index, molarité et statut du contrôle qualité
Enregistrez les détails de préparation, assignez les ensembles d'index et confirmez le contrôle qualité avant le regroupement.

Conçu pour la complexité génomique

Entités génomiques fondamentales

Échantillons et types de spécimens
Extractions d’ADN/ARN
Préparation des bibliothèques
Mesures de contrôle qualité des bibliothèques
Attributions d’index
Bibliothèques regroupées
Contrôle qualité PCR et qPCR
Quantification des regroupements
Séquençages
Attributions de voies
Structures de lecture
Plans de plaques
Valeurs de Ct
Échantillons démultiplexés
Suivi des fichiers Fastq
Exécution des pipelines d’analyse
Points de contrôle qualité
Projets et études
Séries d’amplification
Livrables clients
Suivi des lots de réactifs
Ensembles d’index et codes-barres
Résultats des témoins
Métrologie de séquençage
Emplacements de stockage
Lots d’amorces et de sondes

Capacités d’intégration

Systèmes Illumina NovaSeq
Plateformes Illumina NextSeq
Métrologie Illumina MiSeq
Oxford Nanopore MinION
Oxford Nanopore PromethION
Automates de pipetage
Systèmes de quantification qPCR
Métrologie de PCR en temps réel
Intégration Bioanalyzer
Importation de données TapeStation
Systèmes d’extraction d’acides nucléiques
Résultats Fragment Analyzer
Mesures fluorimétriques Qubit
Lecteurs de plaques
Thermocycleurs
Pipelines LIMS vers bio-informatique
Génération de feuilles d’échantillons
Importation CSV démultiplexée automatisée
Intégration BaseSpace
Connexions API personnalisées
Systèmes d’automatisation de laboratoire
Scanners de codes-barres

Conformité et traçabilité

Contrôles configurables pouvant contribuer aux exigences d’ISO/IEC 17025
Configuration pouvant contribuer aux exigences de la portée évaluée par le COFRAC
Configuration pouvant contribuer aux exigences de la portée évaluée par le CCN
Configuration pouvant contribuer aux exigences de la portée évaluée par BELAC
Configuration pouvant contribuer aux exigences de la portée évaluée par le SAS
Historiques attribuables et horodatés des événements configurés
Suivi de la chaîne de contrôle
Suivi de la provenance des échantillons
Contrôle des versions
Contrôles d’accès des utilisateurs
Autorisations basées sur les rôles
Signatures électroniques
Registres d’étalonnage des instruments
Journaux de maintenance des équipements
Documentation de validation des méthodes
Registres de vérification des méthodes
Procédures opérationnelles standard
Intégration de la gestion de la qualité
Suivi des non-conformités
Registres des mesures correctives
Rapports réglementaires
Contrôles de l’intégrité des données
Gestion des documents
Registres de formation
Registres de libération des lots de réactifs

Ces éléments couvrent ce que configurent la plupart des laboratoires moléculaires et de séquençage. Tout ce qui est propre à vos analyses, plateformes ou portée d’accréditation est ajouté lors de la configuration.

Caractéristiques clés pour laboratoires NGS

Des fonctionnalités conçues pour la manière dont travaillent réellement les laboratoires moléculaires et de séquençage, de la détection des collisions d'index avant la création du pool au blocage d'un résultat lorsqu'un témoin échoue. LIMS ou LIMS selon la terminologie de votre laboratoire, il s'agit du même système.

Traçabilité documentée des échantillons

Suivez tout le parcours de l’échantillon, de la préparation de la bibliothèque au regroupement, au séquençage et à la livraison des données.

Évitez les conflits d'index coûteux

Un contrôle configuré peut signaler des collisions d’index potentielles avant la création du pool ; la décision reste soumise à la revue du personnel autorisé.

Intégration et Connectivité

Des interfaces peuvent être définies pour les plateformes de séquençage, instruments de CQ et systèmes métiers pris en charge, selon les connecteurs, formats et validations disponibles.

Génération automatisée de fiches d'échantillons

Générez des feuilles d’échantillons validées et fiables, avec index, voies et paramètres d’exécution corrects.

Gestion centralisée du contrôle qualité

Consolidez les points de contrôle qualité, de la bibliothèque au pool jusqu'aux valeurs de Ct, avec des critères de réussite ou d'échec configurables.

Contrôles configurables pour contribuer aux exigences d’ISO/IEC 17025

Les historiques attribuables, signatures électroniques et documents maîtrisés peuvent contribuer aux exigences réglementaires configurées ; leur adéquation et le périmètre de mise en œuvre doivent être validés.
Odoo

Système de gestion de laboratoire de génomique basé sur Odoo

LIMS.Science fonctionne entièrement sur Odoo, un puissant système ERP qui a gagné la confiance de plus de 15 millions d'utilisateurs à travers le monde.

Nous l'avons spécialement adapté aux laboratoires de séquençage de nouvelle génération. Vous pouvez tout gérer depuis un seul endroit, du suivi des échantillons et la préparation des bibliothèques aux séquences, au démultiplexage et à la conformité.

  • Configurez protocoles, ensembles d’index et seuils QC pour vos flux NGS.
  • Suivez les échantillons de la bibliothèque au regroupement, au séquençage et au démultiplexage avec une traçabilité documentée.
  • Soumettez les résultats à une revue et à une autorisation avec historique attribuable, critères de CQ et indicateurs de qualité.
  • Attribuez des droits d’accès par rôle pour que techniciens, bioinformaticiens, QC et clients ne voient que l’essentiel.
  • Centralisez les opérations multisites, laboratoires de recherche, laboratoires moléculaires et prestataires de séquençage, dans un seul tableau de bord.
  • Accédez-y où que vous soyez via le cloud ou installez-le sur votre propre serveur sécurisé.

Besoin d'aide ?

Foire aux questions

Le LIMS peut être configuré avec des historiques attribuables, des signatures électroniques selon le périmètre, le suivi de l’étalonnage, les enregistrements de validation des méthodes et des flux qualité. Ces contrôles peuvent contribuer aux exigences d’ISO/IEC 17025 applicables à la portée du laboratoire ; le LIMS ne confère pas l’accréditation.

Des interfaces peuvent être évaluées pour les plateformes Illumina, Oxford Nanopore et instruments de CQ pris en charge. La faisabilité dépend des interfaces, formats, contrôles et validations disponibles pour le parc concerné.

Le système valide la compatibilité des index lors de la création de bibliothèques mutualisées, en vérifiant les conflits potentiels en fonction de vos ensembles d’index et de la chimie de séquençage. Vous pouvez gérer des bibliothèques complètes de combinaisons à double indexation avec validation automatique afin de protéger les séquençages coûteux contre les échecs liés aux conflits d’index.

Oui. Le séquençage n’est qu’un des parcours possibles : une grande partie du travail s’arrête à l’extraction et l’amplification. La PCR en temps réel et en point final sont gérées comme des flux de travail complets, avec plans de plaques, valeurs de Ct par puits, témoins positifs/négatifs bloquants, et suivi des réactifs jusqu’au lot. Les définitions d’analyse (cibles, cyclage, seuils, critères d’acceptation) sont configurées une fois dans le système, puis appliquées à chaque série.

Le système prend en charge divers types d’échantillons (tissus, sang, salive, échantillons environnementaux) et applications de séquençage, notamment le séquençage du génome entier (WGS), le séquençage de l’exome entier (WES), le séquençage d’ARN, les panels ciblés, la métagénomique et le séquençage unicellulaire. Les flux de travail sont personnalisables pour les opérations de séquençage à des fins de recherche, cliniques et commerciales.

Vous pouvez importer les résultats du démultiplexage via un téléchargement CSV ou les intégrer directement à votre pipeline bioinformatique. Le système relie les échantillons démultiplexés à leurs bibliothèques sources et à leurs séquences, garantissant ainsi une traçabilité documentée depuis la réception des échantillons jusqu’à la livraison finale des données.

Gérez vos opérations NGS avec un LIMS génomique dédié

Découvrez comment un LIMS dédié peut rationaliser vos flux NGS, du suivi des échantillons à la livraison des données. Demandez une démonstration personnalisée.

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